«ҚазАгро» ұлттық басқарушы холдингі (бұдан әрі – Холдинг) Қазақстан Республикасы Президентінің 2006 жылғы 11 желтоқсандағы №220 «Агроөнеркәсіптік кешенді дамытудың кейбір мәселелері туралы» Жарлығына және Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2006 жылғы 23 желтоқсандағы Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2006 жылғы 23 желтоқсандағы №1247 «Қазақстан Республикасы Президентінің 2006 жылғы 11 желтоқсандағы №220 Жарлығын іске асыру жөніндегі іс-шаралар туралы» Қаулысына сәйкес құрылған.
Холдингке Қазақстан Республикасы Президентінің 2006 жылғы 24 ақпандағы №748 «Қазақстан Республикасы Президентінің 2006 жылғы 11 желтоқсандағы №220 Жарлығына өзгерістер енгізу туралы» Жарлығына және и Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2009 жылғы 13 наурыздағы №297 «Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2006 жылғы 23 желтоқсандағы №1247 қаулысына өзгерістер мен толықтыру енгізу туралы» Қаулысына сәйкес ұлттық басқарушы холдинг ат берілді.